De Protheans zijn een uitgestorven soort die 50 000 jaar geleden op mysterieuze wijze verdwenen. Ze waren afkomstig van één onbekende planeet, maar bouwden gaandeweg een enorm rijk uit, dat grote delen van de Melkweg omvatte en vele andere soorten domineerde. Er is niet veel over hen bekend, maar een groot aantal van hun artefacten, ruïnes en technologie heeft de tand des tijds overleefd.
De Protheans worden beschouwd als de makers van de Citadel en de mass relays, technologische hoogstandjes die nooit geëvenaard werden en die, vooral omwille van hun mass effect field-kern, de basis vormen van de technologie van de huidige Citadel samenleving. Artefacten van de Protheans hebben een immense wetenschappelijke waarde en worden beschouwd als het gemeenschappelijk bezit van de hele galactische samenleving.